Os aterros sanitários são equipamentos de engenharia para disposição de resíduos sólidosurbanos (RSU) com vistas à proteção ambiental e da saúde pública, modernamente encaradoscomo biorreatores, onde as atividades microbianas de digestão anaeróbia desempenham umpapel crucial no seu comportamento e na geração do biogás com potencial energético. Nessetrabalho técnicas moleculares (metagenômica) foram utilizadas para testar a hipótese de queuma eventual entrada de oxigênio nas células do maciço através da camada de coberturaestivesse interferindo na composição, diversidade e estrutura microbiana dos RSU dispostosno Aterro Sanitário Metropolitano Centro, ASMC, localizado na Região Metropolitana deSalvador (RMS), na Bahia. Os resultados da análise metagenômica demonstraram que osequenciamento de alto rendimento do rDNA 16S pode fornecer uma visão abrangente daestrutura e diversidade das comunidades procarióticas e do padrão de distribuição de gruposno ambiente de decomposição dos RSU. No presente caso, as análises taxonômicas indicaramque os filos Firmicutes (41,3%), Chloroflexi (10,9%), Actinobacteria (9,6%), Proteobacteria(7,1%), Bacteroidetes (6.7%) e Euryarchaeota (16,8%) são os táxons microbianos maisabundantes dos RSU já aterrados nas áreas rentes ao dreno de gás DG 266 de alta sucção doASMC, sendo que, o filo Firmicutes, foi o que mais predominou. Os grupos microbianosencontrados no aterro sanitário se encaixam bem nas vias clássicas dos processos de digestãoanaeróbica. A maioria dos gêneros microbianos identificados foram anaeróbicos e superioresaos gêneros aeróbicos. Apesar de uma predominância dos gêneros anaeróbios, o uso datécnica estatística PCA com distância Hellinger evidenciou a diferença entre amostras comdistâncias/profundidades diferentes (p = 0,0001 e p = 0.0025, respectivamente), sendo adistância a variável de maior importância no estudo. Os gêneros de micro-organismos maisabundantes encontrados foram Methanobacterium, Methanosarcina, Methanofollis,Desulfosporosinus, Anaerolinea e Clostridium, todos anaeróbicos. Os resultados obtidoscorroboram a hipótese de entrada de oxigênio para o interior do maciço de RSU já aterrado doASMC pela camada de cobertura, o que altera o ambiente de decomposição e leva a umaqueda na produção de metano. A variável que mais apresentou coeficiente de correlaçãoelevado foi a distância, seguida de Eh e profundidade. As análises de correlação e de PCAmostraram que a diversidade microbiana no aterro foram afetadas pela distância eprofundidade de aterramento.